Chính trị Mông Cổ có thể chế gần như là mô hình bán tổng thống chế, có sự pha trộn giữa nhánh Lập pháp và Hành pháp. Tổng thống vẫn được bầu trực tiếp, nhưng phải chịu trách nhiệm trước Quốc hội.

Ứng cử viên tổng thống được đề cử từ các Đảng, hoặc liên minh của các Đảng trong Quốc hội. Ứng cử viên phải trải qua nhiều nhất là hai lượt bỏ phiếu, để xác định người chiếm đa số (hơn 50%) phiếu bầu để trở thành tổng thống. Cơ chế bầu cử này tương tự như mô hình bầu cử tổng thống Pháp.

Tuy nhiên, tổng thống Mông Cổ chỉ là người đứng đầu nhà nước (head of the state), không phải là người đứng đầu nhánh Hành pháp (Executive branch).

Thủ tướng mới là người đứng đầu nhánh Hành pháp và chịu trách nhiệm trước Quốc hội. Thủ tướng là do Quốc hội bầu từ Đảng – hoặc liên minh các Đảng – chiếm đa số ghế trong Quốc hội, sau đó được tổng thống chấp thuận.

Còn Quốc hội chính là cơ quan Lập pháp (Legislative branch) cao nhất của Mông Cổ.

Quốc hội Mông Cổ có tên gọi là State Great Khural. Số thành viên của Quốc hội trong Hiến pháp 1992 giảm từ 430 thành viên xuống còn 76 thành viên với nhiệm kỳ 4 năm.

Lập pháp và Hành pháp

Quốc hội Mông Cổ được gia tăng quyền lực và có thể kiểm soát nhánh Hành pháp chặt chẽ hơn. Vì vậy, tổng thống phải chịu trách nhiệm trước Quốc hội.

Do hai nhánh Lập pháp và Hành pháp được gộp lại, nên cả tổng thống lẫn thủ tướng đều có quyền khởi động dự án luật của họ trước Quốc hội. Tổng thống có quyền phủ quyết dự án luật. Tuy nhiên, dự án luật vẫn có hiệu lực, nếu hai phần ba thành viên của Quốc hội không chấp nhận quyền phủ quyết của tổng thống.

Trong trường hợp tổng thống từ chức, chết, hoặc tự nguyện nghỉ hưu, thì Chủ tịch Quốc hội sẽ tạm kiêm chức tổng thống, cho đến khi bầu cử tổng thống được tiến hành trong bốn tháng sau đó.

Thủ tướng phải tham vấn với tổng thống về thành phần nội các, và đề xuất để Quốc hội phê chuẩn. Nếu trong bảy ngày, thủ tướng không đạt được sự đồng thuận với tổng thống, thì thủ tướng có thể đề xuất thành phần nội các của chính phủ lên Quốc hội, mà không cần sự ủng hộ của tổng thống.

Trong trường hợp chính phủ lạm quyền, chỉ cần một phần tư thành viên của Quốc hội là đủ có thể đề nghị Quốc hội xem xét để giải tán chính phủ. Điều này có thể ngăn chặn sự cấu kết dẫn đến lạm quyền giữa chính phủ và Đảng chiếm đa số ghế ở Quốc hội.

Trong thực tế, chỉ có hai lần từ năm 1992 đến nay, là chức vị thủ tướng đã đến từ một Đảng chiếm đa số ghế ở Quốc hội. Còn lại hầu hết thời gian, thì các Đảng phái phải liên minh với nhau để thành lập chính phủ.

Quốc hội có thể phế truất tổng thống nếu vi phạm lời thề tuyên thệ, làm ra hành vi vi hiến, hay vượt quá phạm vi quyền hạn của mình, sau khi có kết luận của Tòa Bảo hiến (constitutional court).

Chính phủ sẽ tự giải tán khi thủ tướng, hoặc một nửa thành viên Nội các, từ chức. Khi đó, Quốc hội sẽ thành lập một chính phủ mới.

Khác với mô hình bán tổng thống ở một số nước, tổng thống Mông Cổ chỉ có quyền giải tán Quốc hội khi nhận được sự ủng hộ của chủ tịch Quốc hội, hoặc trong vòng 45 ngày của một nhiệm kỳ mới mà Quốc hội vẫn chưa thể bổ nhiệm được thủ tướng.

Tư pháp

Hiến pháp 1992 của Mông Cổ quy định, các thẩm phán hoạt động hoàn toàn độc lập và chỉ dựa theo luật pháp để đưa ra phán quyết. Không một ai kể cả tổng thống, thủ tướng hay thành viên của Quốc hội có thể can thiệp vào quyết định của các thẩm phán

Tổng thống bổ nhiệm thẩm phán của Tòa án Tối cao, sau khi những đề cử của Hội đồng các Tòa án (General Council of Courts) được gửi đến Quốc hội và được chấp thuận. Thẩm phán của các tòa án còn lại thì được bổ nhiệm bởi tổng thống, dựa theo đề cử của Hội đồng các Tòa án.

Tòa án Tối cao là cơ quan tư pháp cao nhất của Mông Cổ, có quyền diễn giải luật pháp, nhưng không có quyền diễn giải hiến pháp. Trách nhiệm diễn giải hiến pháp thuộc thẩm quyền của Tòa Bảo hiến Mông Cổ (the Constitutional Tsets). Tòa Bảo hiến gồm chín thành viên, có nhiệm kỳ sáu năm. Quốc hội sẽ bổ nhiệm các thành viên dựa trên đề cử từ Quốc hội, Nội các chính phủ và Tòa án Tối cao: mỗi nơi đề cử ba thành viên. Bất kỳ tranh chấp nào có liên quan đến diễn giải Hiến pháp, không kể là đến từ chính phủ, Quốc hội, hay người dân, thì Tòa Bảo hiến sẽ là nơi đưa ra quyết định cho các bản án đó. Các điều luật, nghị định hay các quyết định của Quốc hội, chính phủ và tổng thống sẽ trở nên vô hiệu lực, nếu Tòa Bảo hiến đưa ra phán quyết là chúng vi hiến.

Tòa Bảo hiến cũng có thẩm quyền kết luận và tuyên phán đối với những vi phạm của tổng thống, chủ tịch hay thành viên Quốc hội, thủ tướng, thành viên của chính phủ, chánh án Tòa án Tối cao, hoặc tổng chưởng lý. Sau khi nhận được những phán quyết này, và dựa trên kết luận của Tòa Bảo hiến, Quốc hội sẽ đưa ra quyết định phế truất hoặc bãi nhiệm chức vụ của người làm ra sai phạm.